Pada tahun 1962 disadari bahwa Provinsi NTT sangat memerlukan lembaga pendidikan tinggi sehingga dibentuklah Panitia Pendiri Universitas Negeri di Kupang. Panitia tersebut diketuai oleh W.J.Lalamentik (sebagai Gubernur NTT) dan Sekretaris I yaitu Kapten El Tari serta Sekretaris II adalah Drs. R. Karsono. Panitia ini dilengkapi lima seksi yang anggotanya terdiri dari pejabat dan tokoh masyarakat NTT. Pada tanggal 1 September 1962 lahirlah Undana yang berkedudukan di Kupang yang dikukuhkan melaluiSurat Keputusan Presiden Nomor 76Tahun 1963 tanggal 23 April 1963.Berdasarkan SK Men.PTIP No.162/MP/1962tersebut maka ditetapkan empat fakultas, yakni: Fakultas Pertanian, Fakultas Peternakan, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan serta Fakultas Ketatanegaraan dan Ketataniagaan.
Universitas yang baru berdiri ini diberi nama “Universitas Negeri Nusa Cendana” ditetapkan berdasarkan SK Presiden RI Nomor 67 Tahun 1963 tanggal 23 April 1963.Nama tersebut ditetapkan berdasarkan pilihan dari tiga nama yang diusulkan oleh sebuah panitia yakni:Nusa Cendana, Praja dan Liurai.
Demi kelancaran pelaksanaan tugas di Universitas Negeri Nusa Cendana saat itu, maka berdasarkan SK Menteri PTIP No.162/MP/1962, tanggal 14 Februari 1962 diangkat Catur Tunggal Propinsi Dati I NTT sebagai Presiden (Prisidium) Universitas yang diketuai oleh Muh. Salim, SH (Kepala Cabang Kejaksaan Tinggi di Kupang) dan sekretaris Drs. S. Daud.Selain itu dibentuk pula Yayasan Universitas yang dipimpin oleh W.C.H. Oematan.
Pada saat itu, karena alasan teknis terutama keterbatasan tenaga pengajar dan laboratorium maka hanya di buka dua fakultas, yaitu:
1) Fakultas Ketatanegaraan dan Ketataniagaan (FKK)
2) Fakultas Keguruan dan Ilmu Kependidikan (FKIP): dengan dua Jurusan
3) Jurusan yang di Kupang: Jurusan Ilmu Hukum, Ekonomi dan Ilmu Hayat.
4) Jurusan yang di Ende: Ilmu Pasti Alam, Pendidikan dan Bahasa Inggris.
Dalam perkembangan selanjutnya Fakultas Peternakan (FAPET) didirikan pada tanggal 1 Oktober 1964, Fakultas Hukum (FH) dibuka pada tanggal 20 Mei 1965, namun berstatus swasta di bawah sebuah yayasan. Berdasarkan SK Menteri P dan K Nomor 0621/0/1977, Fakultas Hukum diintegrasikan ke Fakultas Ketatanegaraan dan Ketataniagaan dan Hukum (FKKH) yang berstatus sebagai departemen dan mempunyai dua jurusan yakni: Jurusan Perdata dan Jurusan Pidana. Pada tahun 1980, Departemen Hukum dipisahkan menjadi Fakultas Hukum. Seiring dengan perkembangan pada tahun 1982 dibuka Fakultas Pertanian yang dilengkapi Jurusan Agronomi dan Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian serta Fakultas Non Gelar Teknologi (FNGT) yang memiliki JurusanTeknik Sipil dan Jurusan Penyuluhan serta Jurusan Pertanian Terpadu dan bernaung di Fakultas Peternakan Tahun 1979, lalu dihapus tahun 1991kemudian didirikan UPT Teknik yangmemiliki Jurusan Teknik Sipil sedangkan Jurusan Penyuluhan Pertanian Terpadu di alihkan ke Faperta. Selanjutnya, pada tahun 1994 didirikan UPT Perikanan dan Ilmu Kelautan. UPT Teknik dibuka lagi dua jurusan baru yakni Jurusan Teknik Elektro dan Jurusan Teknik Mesin. Sedangkan di Faperta juga dibuka Jurusan Ilmu Hama dan Penyakit Tanaman, dan Jurusan Ilmu Tanah.
PROGRAM PASCASARJANA
Pada tahun 1999, berdasarkan SK Rektor Nomor 82 Tahun 1999 dibentuklah tim persiapan dalam rangka pembukaan ProdiPascasarjana, berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor 2571/D/T/2001 tanggal 2 Agustus 2001 dengan Prodi S2 Pembangunan Peternakan berlaku pada tahun akademik 2001/2002. Selanjutnya dibuka pula Prodi S2 Ilmu Administrasi Publik berdasarkan Surat Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Depdiknas Nomor 2706/D/T/2005 tanggal 22 Juli 2005 dan berubah nama menjadi Prodi S2 Ilmu Administrasi (Tahun 2012), Prodi S2 IlmuPembangunan Sumber Daya Alam berdasarkan Surat Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Depdiknas Nomor: 4655/D/T/2004 tanggal 29 November 2004 (IPSAL), Prodi S2 Ilmu Hukum berdasarkan Surat Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Depdiknas Nomor: 2706/D/T/2005 tanggal 22 Juli 2005, Prodi S2 Linguistik berdasarkan Surat Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Depdiknas Nomor: 549/D/T/2008 tanggal 5 Maret 2008 Prodi S2 PIPS berdasarkan Keputusan Mendikbud RI Nomor: 274/E/O/2012 tanggal 24 Agustus 2012,Prodi S2 Pendidikan Bahasa Inggris berdasarkan Surat Kementerian Pendidikan Dan Kebudayaan, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor: 974/E/T/2012, Tanggal 19 Januari 2012, Prodi S2 Ilmu Kesehatan Masyarakat berdasarkan SK Mendikbud RI No.483/E/O/2013 tanggal 18 Oktober 2013 dan Prodi S3 Ilmu Peternakan dan S3 Ilmu Administrasi sesuai SK Mendikbud RI No.196/E/O/2013 tanggal 21 Mei 2013.
Berikut adalah pejabat direktur Program Pascasarjana Universitas Nusa Cendana semenjak awal berdiri:
1) Prof. Dr. Agustinus Benu, M.S. (2000-2002);
2) Prof. Ir. Usaha Ginting Monthe, M.P., Ph.D. (2002-2006);
3) Prof. Dr. Ir. Jublin F. Bale Therik, M.S. (2006-2015);
4) Prof. Dr. Aloysius Liliweri, M.S. (2015-2019);
5) Prof. Drs. Mangadas Lumban Gaol, M.Si., Ph.D. (2019-2020); dan
6) Prof. Feliks Tans, M.Ed., Ph.D. (2020-sekarang).
Direktur Pascasarjana